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http://hdl.handle.net/10609/138646
Título : | Uso de paquetes de R/Bioconductor para análisis funcional de datos ChIP-Seq |
Autoría: | Gallego Crespo, Aarón |
Tutor: | Brunel, Helena ![]() |
Otros: | Perez-Navarro, Antoni ![]() |
Resumen : | ChIP-Seq es un método de secuenciación masiva para identificar sitios de unión proteínas-ADN. Su aplicación para el estudio del perfil de unión de histonas y factores de transcripción en el genoma humano permite conocer la relevancia de estas proteínas en procesos como la diferenciación celular y la patogenia de enfermedades. El proyecto Bioconductor ofrece paquetes de software en R para el análisis de datos ChIP-Seq, suponiendo una alternativa de fácil acceso, bajo coste computacional y altamente versátil frente a otras herramientas. En este trabajo se propuso como objetivos: 1) La búsqueda y selección de paquetes de R/Bioconductor; 2) La búsqueda y selección de conjuntos de datos ideales para aplicar los paquetes; 3) El diseño de un pipeline de análisis de datos ChIP-Seq. Este pipeline se diseñó para realizar la anotación funcional e identificación de motivos de ADN a partir de datos procedentes de tres escenarios experimentales típicos: 1) ChIP-Seq en diferentes replicas biológicas; 2) ChIP-Seq en dos condiciones diferentes; 3) ChIP-Seq en diferentes líneas celulares. El pipeline resultante combina los paquetes ChIPSeeker y ChIPpeakAnno; rGREAT para el análisis de motivos, entre otros paquetes. Los resultados indican que: 1) ChIPpeakAnno es más flexible y específico para anotación funcional de los picos; 2) ChIPseeker ofrece mayor variedad de opciones para visualizar datos; 3) Ambos paquetes se complementan bien en sus fortalezas y debilidades, siendo más útiles juntos que separados; 4) rGREAT cumple los requerimientos básicos para el análisis de motivos, pero tiene un catálogo de funciones limitado. |
Palabras clave : | pipeline factor de transcripción histona |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | dic-2021 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ ![]() |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Ficheros en este ítem:
Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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aarongallegoTFM1221memoria.pdf | Memoria del TFM | 2,14 MB | Adobe PDF | ![]() Visualizar/Abrir |
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