Análisis de motivos compuestos de regulación transcripcional en bacterias

Abstract

En el contexto bacteriano, los sitios de unión de los factores de transcripción tienen una estructura rígida. Sin embargo, existen evidencias de que esta realidad no tiene por qué ser cierta para todos los casos. En este trabajo se ha utilizado FLEMINGO, un algoritmo evolutivo diseñado para la inferencia de motivos flexibles, para identificar motivos en E. coli donde el espaciador presenta una longitud variable. Para ello, se utilizaron datos provenientes de DAP-seq extraídos de RegulonDB y otros recursos como EcoCyc además de scripts de Python para dividir en dos mitades, alinear y recortar tales motivos. A lo largo del trabajo, se exploraron diferentes metodologías para el alineamiento y el cálculo de umbrales del proceso de recorte, evaluando la media, la mediana y otros métodos estadísticos. Se concluyó que la media proporcionó el umbral más confiable para el recorte de los motivos. Como resultado, se observó que la tendencia general de motivos rígidos se mantiene. Sin embargo, se observaron excepciones, como los factores MetR, RcdA y NsrR, los cuales presentaron espaciadores variables y están relacionados con la respuesta a estrés. Sin embargo, la falta de suficientes datos de DAP-seq o secuencias han limitado un análisis global de los factores de transcripción de E. coli. Como proyección futura, se propone ampliar la base de datos experimental, utilizando más factores de transcripción y recursos como ChIP-seq o DAP-seq, para validar y profundizar en la comprensión de la variabilidad de los espaciadores en los sitios de unión.