Ontología de ALUS

Abstract

En este trabajo se describe una base de conocimiento de las ALU humanas. La ontología incorpora términos SO y GO y está orientada a describir el contexto genómico del conjunto de ALU. Para cada elemento ALU se almacenan el gen y transcrito más cercanos, así como su anotación funcional de acuerdo a GO, el estado de la cromatina circundante y los factores de transcripción presentes en la ALU. Se han incorporado reglas semánticas para facilitar el almacenamiento, consulta e integración de la información. La ontología de ALU es plenamente analizable mediante razonadores como Pellet y está parcialmente transferida a una wiki semántica.

In this work we describe a knowledgebase for the human ALU. The ontology is linked to SO and GO and is devoted to address the genomic context of the Aluome. For each ALU element, the closest gene and transcript are stored, as well their functional annotation according to GO, the state of the surrounding chromatin and the transcription factors binding sites inside the ALU. Semantic rules have been used to aid efficient data storage, querying and integration. The ALU ontology has been subjected to reasoners like Pellet and it is being transferred to a Semantic MediaWiki.

En aquest treball es descriu una base de coneixement de les ALU humanes. L'ontologia incorpora termes SO i GO i està orientada a descriure el context genòmic del conjunt d'ALU. Per a cada element ALU s'emmagatzemen el gen i transcrit més propers, així com la seva anotació funcional d'acord a GO, l'estat de la cromatina circumdant i els factors de transcripció presents en l'ALU. S'han incorporat regles semàntiques per facilitar l'emmagatzematge, consulta i integració de la informació. L'ontologia d'ALU és plenament analitzable mitjançant raonadors com Pellet i està parcialment transferida a una wiki semàntica.