Paral·lelització amb GPUs d'una aplicació per a química computacional

Abstract

El propòsit d'aquesta memòria és explicar el procediment que s'ha seguit en la paral·lelització del software científic PELE que es fa servir en el departament Life Sciences del "Barcelona Supercomputing Center" per la recerca de nous medicaments. PELE és un software científic que es dedica a buscar les contribucions d'energia en el buit i en el medi aquós entres els àtoms de molècules d'un sistema. El software combina algoritmes de predicció d'estructures de proteïnes i tècniques de simulació Monte Carlo per tal d'explorar totes les contribucions d'energia.

The purpose of this report is to explain the procedure in the parallelization of scientist software PELE that is used in the department Life Sciences of "Barcelona Supercomputing Center" for search new medicines. PELE is a scienti c software dedicated to seeking contributions of energy in the vacuum and the aqueous amongst the atoms of molecules of a system.

El propósito de esta memoria es explicar el procedimiento que se ha seguido en la paralelización del software científico PELE que se utiliza en el departamento Life Sciences del "Barcelona Supercomputing Center" para la búsqueda de nuevos medicamentos. PELE es un software científico que se dedica a buscar las contribuciones de energía en el vacío y en el medio acuoso entres los átomos de moléculas de un sistema.