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http://hdl.handle.net/10609/60105
Título : | Workflow para asociar segmentos de una secuencia genómica a una familia de proteínas de interés. |
Autoría: | Marín Nieto, Fátima |
Director: | Vegas Lozano, Esteban |
Tutor: | Sánchez-Pla, Alex |
Otros: | Universitat Oberta de Catalunya |
Resumen : | El objetivo del presente trabajo ha sido crear un workflow que permita seleccionar segmentos de un genoma microbiano que sean posibles candidatos de pertenecer a una familia funcional de proteínas descrita en CAZy. El pipeline para llevar a cabo este objetivo se ha diseñado en 5 fases principales: preparación de la base de datos CAZy, recuperación de secuencias fasta de proteínas de una familia funcional, análisis de homología por secuencia mediante alineamientos a pares y múltiples y búsqueda por patrón funcional. Para la realización del trabajo se han utilizado múltiples herramientas específicas para cada fase de análisis, como BLAST y HMMR3, y se han establecido los criterios óptimos que permitieran identificar las regiones de similitud en la secuencia genómica microbiana. |
Palabras clave : | homología flujo de trabajo |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 2-ene-2017 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Bachelor thesis, research projects, etc. |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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cazypredict_app.zip | 2,36 kB | Unknown | Visualizar/Abrir | |
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fmarinnTFM0117memoria.pdf | memoria | 2,03 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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