Automated analytics for the evolution of the Gene Ontology

Abstract

El treball que aquí es presenta descriu el disseny i desenvolupament d'una eina que permet avaluar canvis entre les versione de la GO, permetent donar un primer pas cap a una comprensió més profunda de l'evolució de la GO i el seu impacte en les conclusions suportades pel seu ús, es descriu el disseny i ús de la biblioteca pygoa, i s'acompanya d'una anàlisi de versions mensuals de la GO. L'anàlisi es fa a nivell de l'ontologia (anàlisi terminològica), incloent mètriques d'ontologies, i també al nivell de la base de dades d'anotacions, i inclou l'evolució de certes mesures de similitud.

El trabajo que aquí se presenta describe el diseño y desarrollo de una herramienta que permite evaluar cambios entre las versione de la GO, permitiendo dar un primer paso hacia una comprensión más profunda de la evolución de la GO y su impacto en las conclusiones soportadas por su uso. Se describe el diseño y uso de la biblioteca pygoa, y se acompaña de un análisis de versiones mensuales de la GO. El análisis se hace a nivel de la ontología(análisis terminológico), incluyendo métricas de ontologías, y también al nivel de la base de datos de anotaciones, e incluye la evolución de ciertas medidas de similaridad.

The work presented here reports on the design and development of a tool that provides the means to assess changes in the GO across versions, which represents a first step towards a deeper understanding of the evolution of the GO and its impact in the conclusions supported by its use. The design and use of the pygoa library is reported along with an analysis across monthly snapshots of the GO. The analysis is done both at the level of the ontology (terminological database), including ontology metrics, and at the level of the annotation database, including the evolution of several similarity measures.