Creación de un pipeline para el análisis de datos procedentes de PCR cuantitativa

Abstract

En este proyecto fin de máster se ha diseñado y desarrollado un pipeline para el análisis estadístico de datos procedentes de PCR cuantitativa (qPCR) obtenidos en un aparato ABI7000 y medidos en placas prediseñadas de qPCR, miRCURY LNA Universal RT microRNA PCR assays (Exiqon), para miRNAs encontrados típicamente en exosomas. El pipeline está desarrollado en el lenguaje de programación R, haciendo uso de librerías desarrolladas especialmente para procesar datos biológicos, entre ellas el proyecto Bioconductor y el paquete HTqPCR.

En aquest projecte fi de màster s'ha dissenyat i desenvolupat un pipeline per a l'anàlisi estadística de dades procedents de PCR quantitativa (qPCR) obtinguts en un aparell ABI7000 i mesurats en plaques prediseñadas de qPCR, miRCURY LNA Universal RT microRNA PCR assays (Exiqon), per a miRNAs oposats típicament en exosomas. El pipeline està desenvolupat en el llenguatge de programació R, fent ús de llibreries desenvolupades especialment per a processar dades biològiques, entre elles el projecte Bioconductor i el paquet HTqPCR.

This Master Thesis project consists in the elaboration of a pipeline for the statistical analysis of quantitative PCR data (qPCR) obtained in an ABI7000 thermocycler and measured in pre-designed plates of qPCR, miRCURY LNA Universal RT microRNA PCR assays (Exiqon), for quantifying miRNAs typically found in exosomes. The pipeline was developed with R programming language, making use of specific libraries to process biological data. Those libraries include the Bioconductor project and the package HTqPCR.