Desarrollo de una aplicación web para obtener información sobre datos de genomas y transcriptomas

Abstract

Este proyecto surge de la necesidad de facilitar el acceso y visualización de datos transcriptomicos del laboratorio de Xavier Bellés en el instituto de biología evolutiva (IBE). Estos datos son, mayoritariamente, resultados de análisis de expresión génica mediante RNA-seq del insecto Blattela germanica obtenidos en diferentes momentos del desarrollo de la metamorfosis. El resultado de este proyecto es la creación de una aplicación web que permite la búsqueda, navegación y visualización de datos transcriptomicos albergados por este laboratorio. La aplicación se ha creado mediante el uso de R y su paquete Shiny. Esta combinación de herramientas permite la creación de interfaces interactivas con todo el potencial del lenguaje de R. La aplicación está diseñada de manera que cada pestaña permite la realización de una función diferente. Hay pestañas para la consulta de valores de expresión, para crear gráficos de barras, buscar genes según su secuencia mediante el software BLAST, analizar los datos de co-expresión entre genes o consultar el diccionario de genes ortólogos con Drosophila melanogaster.

This project arises from the need to allow an easy access and visualization of transcriptomic data of the laboratory of Xavier Bellés from the institute of evolutionary biology (IBE). These data are, mainly, results of analysis of gene expression by RNA-seq of the insect Blattela germanica obtained at different stages of the development of metamorphosis. The final product of this project is the creation of a web application that allows to search, navigate and visualize transcriptomic data hosted by this laboratory. The application was created using R and the Shiny package. This combination of tools allows the creation of interactive interfaces with all the potential of R. The application is designed in different tabs that each can perform a different function. There are tabs to query expression values, to create bar graphs, search for genes according to their sequence using BLAST software, analyze co-expression data between genes or consult the orthologous gene dictionary with Drosophila melanogaster.

Aquest projecte sorgeix de la necessitat de facilitar l'accés i visualització de dades transcriptomicos del laboratori de Xavier Bellés en l'institut de biologia evolutiva (IBE). Aquestes dades són, majoritàriament, resultats d'anàlisis d'expressió gènica mitjançant RNA-seq de l'insecte Blattela germanica obtinguts en diferents moments del desenvolupament de la metamorfosi. El resultat d'aquest projecte és la creació d'una aplicació web que permet la cerca, navegació i visualització de dades transcriptomicos albergats per aquest laboratori. L'aplicació s'ha creat mitjançant l'ús de R i el seu paquet Shiny. Aquesta combinació d'eines permet la creació d'interfícies interactives amb tot el potencial del llenguatge de R. L'aplicació està dissenyada de manera que cada pestanya permet la realització d'una funció diferent. Hi ha pestanyes per a la consulta de valors d'expressió, per crear gràfics de barres, buscar gens segons la seva seqüència mitjançant el programari BLAST, analitzar les dades de co-expressió entre gens o consultar el diccionari de gens ortólogos amb Drosophila melanogaster.