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http://hdl.handle.net/10609/81672
Título : | Desarrollo de pipelines bioinformáticos aplicados a la mejora genética de plantas |
Autoría: | Moncusí Moix, Anna |
Tutor: | Pizarro Tobías, Paloma |
Otros: | Universitat Oberta de Catalunya Merino, David |
Resumen : | El uso de marcadores moleculares ha revolucionado el ritmo y la precisión del análisis genético de las plantas, siendo una disciplina importante para garantizar la seguridad alimentaria mediante el desarrollo de variedades que hagan frente al estrés ambiental y contribuyan al desarrollo sostenible de la agricultura. El objetivo de esta investigación fue desarrollar un pipeline para el análisis bioinformático y bioestadístico de los datos obtenidos en el laboratorio de biotecnología aplicada de la empresa Semillas Fitó. El primer objetivo fue obtener una función en R para realizar estudios de parámetros básicos de los datos de genotipado como la heterocigosidad, PIC, el índice de fijación y el porcentaje de missing data. Se ha obtenido una función en R para codificar los datos, lo que permite realizar el segundo objetivo, el análisis de los datos genéticos mediante los softwares R, Flapjack, GGT y TASSEL, seleccionando a partir de una matriz de decisión, R como el mejor software y con más flexibilidad para realizar futuros análisis. Se ha comparado también los softwares MapDisto y MapMaker para analizar las similitudes y diferencias en la construcción de mapas de ligamiento. También se ha representado la distribución de los SNPs en los cromosomas para poder obtener una visión global de la distribución de los datos mediante el software PhenoGram. Por último, el tercer objetivo fue desarrollar una función de R para el análisis de Marker-Assisted Backcrossing. |
Palabras clave : | bioinformática biotecnología genotipo mejora genética |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | jun-2018 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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