Programación de una librería de Python capaz de leer ficheros PDB para representar proteínas en 3D

Abstract

Este proyecto tiene como finalidad el uso de librerías de Python para la visualización de estructuras proteicas tridimensionales mediante el procesado de archivos PDB. Para ello, se utilizaron las herramientas ofrecidas por BioPython para el procesado de datos, y las librerías matplotlib y VisPy para la visualización de los datos procesados. El resultado de este trabajo es un programa cuya interfaz gráfica fue creada mediante la librería Tkinter, que permite la selección del archivo a representar, la selección del motor que se utilizará para la visualización y qué tipo de visualización se generará (CPK, según el tipo de aminoácido al que pertenece, dividido en cadenas, y usando DSSP). Para facilitar su uso, también se pueden utilizar los motores por separado en forma de paquetes individuales, MatViewer y VisPyViewer (2D y 3D). Este trabajo se puede utilizar como plataforma para generar nuevas alternativas a los visualizadores existentes, dado que tienen una gran capacidad de personalización, sobre todo gracias a la librería VisPy.

This project has the objective the use of Python libraries for the visualization of tridimensional protein structures through the processing of PDB archives. For this purpose, the tools offered by BioPython were used for data processing, and the matplotlib and Vispy libraries were used for the visualization of said processed data. The result of this project is a program whose graphic interface was created thanks to the Tkinter library, that allows the archive selection for the representation, the engine selection for the visualization and what visualization type will be generated (CPK, depending on the aminoacidic type, divided by chains and using DSSP). For an easier use, it's also possible to use the engines separately in the form of individual packages, MatViewer and VisPyViewer (2D and 3D). This project can be used as a platform for generating new alternatives to the already existing visualizers, since they have a great characterization capacity, specially thanks to the VisPy library.

Aquest projecte té com a finalitat l'ús de llibreries de Python per a la visualització d'estructures proteiques tridimensionals mitjançant el processament d'arxius PDB. Per a això, es van utilitzar les eines ofertes per BioPython per al processament de dades, i les llibreries matplotlib i VisPy per a la visualització de les dades processades. El resultat d'aquest treball és un programa la interfície gràfica del qual va ser creada mitjançant la llibreria Tkinter, que permet la selecció de l'arxiu a representar, la selecció del motor que s'utilitzarà per a la visualització i quin tipus de visualització es generarà (CPK, segons el tipus d'aminoàcid al que pertany, dividit en cadenes, i usant DSSP). Per facilitar el seu ús, també es poden utilitzar els motors per separat en forma de paquets individuals, MatViewer i VisPyViewer (2D i 3D). Aquest treball es pot utilitzar com a plataforma per generar noves alternatives als visualitzadors existents, atès que tenen una gran capacitat de personalització, sobretot gràcies a la llibreria VisPy.