Caracterización transcriptómica del cáncer de endometrio y su importancia en el diseño de nuevas estrategias terapéuticas

Abstract

Endometrial cancer is the most frequent gynecological tumor in development countries. Currently there is a lack of therapeutic options in this type of tumors, which gives rise to a great interest in the search for therapeutic targets that allows the treatment to be customized for the benefit of the patient. The objective of the project was to find out significant differences in the expression of the genes in patients with MSI-H endometrial cancer against MSI-L and MSS, with the objective of finding possible therapeutics options. Methods: To carry out the study, data were obtained from the RNA-seq analysis of samples from patients with TCGA endometrial cancer. The differential expression analysis was carried out using the limma package. Subsequently an analysis of pathway enrichment and gene co-expression was carried out using the ReactomeFIPlugin application through cytoscape version 3.6.1. Finally, the study was completed with a survival analysis of both groups.

El cáncer de endometrio es el tumor ginecológico más frecuente en países desarrollados. Actualmente existe una falta de opciones terapéuticas en este tipo de tumores, lo que origina un gran interés en la búsqueda de dianas terapéuticas que permitan personalizar el tratamiento en beneficio del paciente. El objetivo del proyecto fue buscar si había diferencias significativas en la expresión de los genes de pacientes con cáncer de endometrio MSI-H frente a MSI-L y MSS, con la finalidad de encontrar posibles alternativas terapéuticas. Para llevar a cabo el estudio se obtuvieron datos del análisis de RNA-seq de muestras de pacientes con cáncer de endometrio del TCGA. Mediante el paquete limma se realizó el análisis de expresión diferencial. Posteriormente se llevó a cabo un análisis de enriquecimiento de pathways y de co-expresión de genes mediante la aplicación ReactomeFIPlugin a través de Cytoscape versión 3.6.1. Por último, el estudio se completó con un análisis de supervivencia de ambos grupos.

El càncer d'endometri és el tumor ginecològic més freqüent en països desenvolupats. Actualment existeix una falta d'opcions terapèutiques en aquest tipus de tumors, la qual cosa origina un gran interès en la cerca de dianes terapèutiques que permetin personalitzar el tractament en benefici del pacient. L'objectiu del projecte va ser buscar si hi havia diferències significatives en l'expressió dels gens de pacients amb càncer d'endometri MSI-H enfront de MSI-L i MSS, amb la finalitat de trobar possibles alternatives terapèutiques. Per dur a terme l'estudi es van obtenir dades de l'anàlisi de RNA-seq de mostres de pacients amb càncer d'endometri del TCGA. Mitjançant el paquet limma es va realitzar l'anàlisi d'expressió diferencial. Posteriorment es va dur a terme una anàlisi d'enriquiment de pathways i de co-expressió de gens mitjançant l'aplicació ReactomeFIPlugin a través de Cytoscape versió 3.6.1. Finalment, l'estudi es va completar amb una anàlisi de supervivència de tots dos grups.