Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/83665
Títol: | Reconstructing pedigrees using RNA-seq data |
Autoria: | Blay Magriñá, Natàlia |
Tutor: | Vavouri, Tanya |
Altres: | Ventura, Carles |
Resum: | L'objectiu d'aquest treball és crear un mètode per a determinar i representar relacions de parentiu entre diferents individus a partir de dades d'RNA-seq. Actualment no existeix cap mètode descrit per a aquesta mena de dades, mentre que sí que existeixen per a altres tipus de dades com arrays de genotipat. La reconstrucció de pedigríes té aplicacions diverses com la detecció de problemes d'etiquetatge. La metodologia consisteix en (i) fer un control de qualitat de les dades crues, (ii) mapear els reads en el genoma, (iii) filtrar les dades dels reads mapatges eliminant duplicats i reads amb mapatge múltiple, (iv) seleccionar els SNPs comuns que no es trobin en un lloc de repeticions o en gens improntados, (v) filtrar els SNPs en els reads i obtenir els genotips, (vaig veure) determinar i representar la relació entre parelles d'individus i (vii) representar el pedigrí complet. Després de seleccionar els filtres i els seus valors de tall s'ha obtingut un mètode que permet diferenciar diferents relacions de parentiu i representar-les. Les relacions de primer grau (pare-fill i germans complets) són les que més fàcilment es detecten, mentre que les relacions més llunyanes (avi-nét o oncle-nebot) són més difícils de diferenciar d'individus no relacionats. |
Paraules clau: | RNA-seq pedigrí genòmica |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | jun-2018 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
nblaymTFM0618memoria.pdf | Memoria del TFM | 1,28 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons