Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/91266
Títol: | Machine learning para la selección de genes implicados en el desarrollo de Arabidopsis thaliana utilizando datos de expresión génica |
Autoria: | Saura Sánchez, Maria Teresa |
Tutor: | Vegas Lozano, Esteban |
Altres: | Sánchez-Pla, Alex |
Resum: | Les plantes desenvolupen nous òrgans i teixits al llarg del seu cicle de vida. Gràcies a la tecnologia de microarrays d'ADN s'ha pogut indagar en els mecanismes transcripcionals associats al desenvolupament d'aquestes estructures en l'espècie model Arabidopsis thaliana. No obstant això, els estudis publicats analitzen un reduït nombre de mostres per a la selecció de gens de desenvolupament segons l'expressió específica d'aquests en els diferents teixits de la planta, sense tenir en compte relacions més complexes entre els gens. En aquest treball es proposa l'ús de tècniques de machine learning per a la selecció de gens rellevants en el desenvolupament de les estructures de la planta A. thaliana. Per a això, es va generar una base de dades amb més de 500 perfils d'expressió corresponents a llavors, plàntules, arrels, fulles i flors. Sobre aquestes dades es van utilitzar tres mètodes d'machine learning per a la selecció de gens segons la seva importància en models de classificació: FP-RF, RF-RFE SVM-RFE. A més, es va avaluar la capacitat del mètode autoencoder per a la representació d'aquestes dades en una dimensió reduïda. Els grups de gens seleccionats per ML van mostrar un alt rendiment en la classificació de les mostres per RF, SVM i ANN. Així mateix, l'anàlisi funcional in silico d'aquests gens va revelar la seva implicancia en els processos de desenvolupament de la planta. Aquests resultats posen de manifest la potència dels algoritmes de ML per a l'estudi del desenvolupament de les plantes a partir de dades d'expressió gènica. |
Paraules clau: | Arabidopsis thaliana aprenentatge automàtic microarrays |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | gen-2019 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
saurasanchezTFM0119memoria.pdf | Memoria del TFM | 5,7 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons