Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/97527
Títol: | Comparison of clustering methods for multiparametric cytometry data analysis in order to implement an R/Shiny application |
Autoria: | Guadall Roldán, Anna |
Tutor: | Adsuar Gómez, Antonio Jesús |
Altres: | Canovas Izquierdo, Javier Luis |
Resum: | La citometria de flux convencional és una tecnologia que permet detectar fins a 30 paràmetres per cèl·lula. Recentment, la citometria de flux i l'espectrometria de masses s'han fusionat donant lloc a l'anomenada citometria de masses, que potencialment permet la detecció de fins a 100 paràmetres per cèl·lula. Les poblacions cel·lulars es caracteritzen principalment mitjançant el procediment de gating, consistent en delimitar manualment les poblacions usant histogrames o gràfics de punts de manera seqüencial. Aquest procediment és lent, imprecís i particularment inadequat per a un elevat nombre de paràmetres. En els últims anys s'han estat desenvolupant noves tècniques computacionals amb la finalitat de gestionar dades de citometria multidimensional de manera eficient. No obstant això, l'eficàcia d'aquests desenvolupaments encara s'està avaluant. A més, el maneig d'aquestes tècniques requereix habilitat en l'ús de paquets R i programació. L'objectiu principal d'aquest projecte és proporcionar als citometristas algoritmes d'aprenentatge no supervisat i tècniques de visualització per explorar dades de citometria multiparamètrica de manera reproduïble. Amb aquesta finalitat, s'ha realitzat una extensa recerca bibliogràfica sobre algoritmes d'agrupament aplicats a la citometria i s'ha desenvolupat una metodologia per a l'avaluació del rendiment. Una selecció d'algorismes ha estat contrastada aplicant aquesta metodologia a dades de citometria reals i dades fictícies generats expressament amb aquesta finalitat. Aquest estudi comparatiu ha permès seleccionar un algoritme d'agrupament, RPhenograph, per a ser implementat mitjançant una aplicació Shiny. La metodologia desenvolupada és aplicable per a l'avaluació de nous algoritmes i nous dissenys experimentals. |
Paraules clau: | citometria multiparamètrica rendiment del algorisme clustering |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 4-jun-2019 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
aguadallTFM0619memory.pdf | Memory of TFM | 3,29 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons