Pathway and network analysis of Alzheimer's disease

Abstract

Comparison of results obtained when three datasets of three different Alzheimer's disease studies were analysed. Eight different software tools were used and pathway and network analysis were conducted to analyse the datasets. In conclusion, the analysis of different types of biological data and pathway and network analysis give a functional and a systemic understanding of Alzheimer's disease. Lastly, the number of statistically significant results differs between programs even if the same dataset is analysed and the same pathway analysis method is used. However, the most relevant results coincide between software tools if the same database is selected; but their levels of significance differ.

En aquest treball s'han comparat i analitzat tres conjunts de dades de tres estudis diferents de la malaltia d'Alzheimer utilitzant anàlisis de rutes biològiques i de xarxes gèniques de vuit programes informàtics diferents. Com a conclusió, l'anàlisi de diferents tipus de dades biològiques i l'anàlisi de rutes biològiques i de xarxes gèniques permeten tenir un coneixement funcional i sistèmic de la malaltia d'Alzheimer. Per últim, el nombre de resultats estadísticament significatius varia entre programes encara que s'analitzi el mateix conjunt de dades i s'utilitzi el mateix mètode d'anàlisi de rutes biològiques. No obstant això, els resultats més rellevants coincideixen entre programes si la mateixa base de dades es selecciona, però el seu nivell de significació difereix.

En este trabajo se analizaron tres conjuntos de datos provenientes de tres diferentes estudios de la enfermedad de Alzheimer, y se compararon los resultados obtenidos al aplicar análisis de rutas biológicas y de redes génicas utilizando un total de ocho programas informáticos diferentes. Como conclusión, el análisis de diferentes tipos de datos biológicos y el análisis de rutas biológicas y de redes génicas permiten tener un entendimiento funcional y sistémico de la enfermedad de Alzheimer. Por último, el número de resultados estadísticamente significativos difiere entre programas aunque se analice el mismo conjunto de datos y se utilice el mismo método de análisis de rutas biológicas. Sin embargo, los resultados más relevantes coinciden entre programas si se selecciona la misma base de datos, pero su nivel de significancia difiere.