Análisis filogenético de la óxido nitroso reductasa (nosZ): establecimiento del perfil de la proteína

Abstract

El objetivo del trabajo ha sido la realización de una revisión filogenética del gen nosZ en bacterias desnitrificantes existentes en la base de datos del NCBI. Para ello, en este estudio se han descargado y procesado mediante el uso de herramientas bioinformáticas disponibles, secuencias representantes de las especies debidamente anotadas una secuencia representante de este gen que pudiese ser asociada con la secuencia de interés. Esta información ha sido la base para la realización de dos aproximaciones a un análisis filogenético. Por un lado se empleando herramientas de máxima verosimilitud a partir de secuencias de aminoácidos. Por otro lado, se ha realizado un análisis mediante análisis bayesiano de un subconjunto de secuencias de nucleótidos para las especies seleccionadas. A partir de los resultados obtenidos se han elegido un representante de las agrupaciones establecidas en la bibliografía existente para realizar una predicción del perfil de la proteína. Según los resultados obtenidos, ha sido posible obtener una topología para la filogenia con un amplio rango de representantes existentes en la base de datos pública a nivel taxonómico a nivel de especie frente a publicaciones previas.

The objective of the work has been to carry out a phylogenetic review of the nosZ gene in denitrifying bacteria existing in the NCBI database. For this, in this study, sequences representing the species duly annotated have been downloaded and processed using available bioinformatics tools, a representative sequence of this gene that could be associated with the sequence of interest. This information has been the basis for carrying out two approaches to a phylogenetic analysis. On the one hand, maximum likelihood tools are used from amino acid sequences. On the other hand, an analysis has been carried out by means of Bayesian analysis of a subset of nucleotide sequences for the selected species. From the results obtained, a representative of the groups established in the existing bibliography has been chosen to make a prediction of the protein profile. According to the results obtained, it has been possible to obtain a topology for the phylogeny with a wide range of existing representatives in the public database at the taxonomic level at the species level compared to previous publications.

L'objectiu de la feina ha estat la realització d'una revisió filogenètica de el gen nosZ en bacteris desnitrificants existents a la base de dades de l'NCBI. Per a això, en aquest estudi s'han descarregat i processat mitjançant l'ús d'eines bioinformàtiques disponibles, seqüències representants de les espècies degudament anotades una seqüència representant d'aquest gen que pogués ser associada amb la seqüència d'interès. Aquesta informació ha estat la base per a la realització de dues aproximacions a una anàlisi filogenètic. D'una banda es emprant eines de màxima versemblança a partir de seqüències d'aminoàcids. D'altra banda, s'ha realitzat una anàlisi mitjançant anàlisi bayesià d'un subconjunt de seqüències de nucleòtids per a les espècies seleccionades. A partir dels resultats obtinguts s'han triat un representant de les agrupacions establertes en la bibliografia existent per a realitzar una predicció de el perfil de la proteïna. Segons els resultats obtinguts, ha estat possible obtenir una topologia per a la filogènia amb un ampli rang de representants existents a la base de dades pública a nivell taxonòmic a nivell d'espècie enfront de publicacions prèvies.