Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/134326
Títol: | Leveraging single-cell ATAC-seq data to gain insights into the cell-type selective component of the human pancreatic islet regulome |
Autoria: | Castillo Bonilla, Andrés |
Tutor: | Garrido Martín, Diego Ferrer, Jorge |
Altres: | Calvet Liñán, Laura |
Resum: | ATAC-seq és essencial per perfilar l'accessibilitat de la cromatina i caracteritzar el panorama regulatori transcripcional. No obstant això, el recent interès per l'estudi de poblacions cel·lulars heterogènies constitueix un desafiament per al ATAC-seq. Per tant, l'ATAC-seq unicel·lular sorgeix com una resposta a les limitacions d'ATAC-seq en massa quan s'estudia l'heterogeneïtat cel·lular. El nostre objectiu és caracteritzar el component de tipus cel·lular dels potenciadors utilitzant dades scATAC-seq. Per aconseguir aquest propòsit, a) anotem potenciadors en regions de cromatina oberta de tipus cel·lular, b) estimem l'enriquiment de motius entre potenciadors de tipus cel·lular, c) detectem potenciadors accessibles de tipus cel·lular que mostren una unió robusta a TF id) identifiquem variants associades a T2D que afecten la unió de TF a potenciadors de tipus cel·lular. L'anàlisi d'enriquiment de motius va presentar grups ben definits de motius enriquits en potenciadors de tipus cel·lular. La recurrència de motius a través de potenciadors de tipus cel·lular va mostrar que els potenciadors units a un TF donat eren consistents amb l'agrupament de tipus cel·lular observat en l'anàlisi d'enriquiment de motius. Finalment, la integració dels potenciadors de tipus cel·lular que caracteritzen la unió de TF amb variants genètiques de T2D ens va permetre proposar el mecanisme molecular més probable subjacent a alguns loci de risc de T2D. |
Paraules clau: | illot pancreàtic humà regulació genòmica genètica |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | jun-2021 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
acastilloboTFM0621memoria.pdf | Memoria del TFM | 1,27 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons