Estudio comparativo de pipelines de análisis de small non-coding RNAs

Abstract

El estudio de los small non-coding RNA (sncRNAs) ha adquirido una gran importancia en los últimos años, especialmente en el caso de los microRNAs (miRNAs). La introducción de protocolos de high-throughput small RNA sequencing (sRNAseq) ha hecho necesario el desarrollo de herramientas de análisis de los datos de secuenciación generados y de interpretación de los resultados. En los últimos años han sido publicados diferentes pipelines para llevar a cabo estas tareas. Se ha realizado una búsqueda bibliográfica y revisión de pipelines publicados en los últimos 5 años que ha permitido conocer las características principales de los pipelines de análisis de sncRNAs, sus posibilidades de análisis y cómo realizar un análisis básico. Se han utilizado los pipelines COMPSRA, miRge3.0 y nf-core/smrnaseq sobre un dataset de muestras de tejido de pulmón en macho y hembra. De los tres pipelines se han obtenido las métricas de alineamiento de lecturas y el fichero de contajes de miRNAs. En el caso de miRge3.0 y nf-core smrnaseq también se han obtenido otros resultados como por ejemplo análisis de isomirs y novel miRNAs. A partir de los ficheros de contajes de cada uno de los pipelines se ha realizado un análisis de expresión diferencial y los resultados obtenidos han sido comparados.

The study of small non-coding RNAs (sncRNAs) has become very important in the last years, especially in the case of microRNAs (miRNAs). The introduction of high-throughput small RNA sequencing (sRNAseq) protocols has made it necessary to develop tools for analysing the sequencing data generated and interpreting the results. In recent years, different pipelines have been published to carry out these tasks. A bibliographic search and review of pipelines published in the last 5 years has been carried out to learn about the main characteristics of the sncRNA analysis pipelines, their analysis possibilities and how to carry out a basic analysis. COMPSRA, miRge3.0 and nf-core/smrnaseq pipelines were used on a dataset of male and female lung tissue samples. The read alignment metrics and the file of miRNA counts were obtained from the three pipelines. In the case of miRge3.0 and nf-core smrnaseq, other results such as isomirs analysis and novel miRNAs were also obtained. From the count files of each of the pipelines, a differential expression analysis was performed and the results obtained were compared.

L'estudi dels small senar-coding RNA (sncRNAs) ha adquirit una gran importància en els últims anys, especialment en el cas dels microRNAs (miRNAs). La introducció de protocols de high-throughput small RNA sequencing (sRNAseq) ha fet necessari el desenvolupament d'eines d'anàlisis de les dades de seqüenciació generats i d'interpretació dels resultats. En els últims anys han estat publicats diferents pipelines per a dur a terme aquestes tasques. S'ha realitzat una cerca bibliogràfica i revisió de pipelines publicats en els últims 5 anys que ha permès conèixer les característiques principals dels pipelines d'anàlisis de sncRNAs, les seves possibilitats d'anàlisis i com realitzar una anàlisi bàsica. S'han utilitzat els pipelines COMPSRA, miRge3.0 i nf-core/smrnaseq sobre un dataset de mostres de teixit de pulmó en mascle i femella. Dels tres pipelines s'han obtingut les mètriques d'alineament de lectures i el fitxer de contajes de miRNAs. En el cas de miRge3.0 i nf-*core smrnaseq també s'han obtingut altres resultats com per exemple anàlisis de isomirs i novella miRNAs. A partir dels fitxers de contajes de cadascun dels pipelines s'ha realitzat una anàlisi d'expressió diferencial i els resultats obtinguts han estat comparats.