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http://hdl.handle.net/10609/146510
Título : | Estudio comparativo de pipelines de análisis de small non-coding RNAs |
Autoría: | Santacruz Roco, Álvaro |
Tutor: | Ferrer Almirall, Mireia |
Otros: | Perez-Navarro, Antoni ![]() |
Resumen : | El estudio de los small non-coding RNA (sncRNAs) ha adquirido una gran importancia en los últimos años, especialmente en el caso de los microRNAs (miRNAs). La introducción de protocolos de high-throughput small RNA sequencing (sRNAseq) ha hecho necesario el desarrollo de herramientas de análisis de los datos de secuenciación generados y de interpretación de los resultados. En los últimos años han sido publicados diferentes pipelines para llevar a cabo estas tareas. Se ha realizado una búsqueda bibliográfica y revisión de pipelines publicados en los últimos 5 años que ha permitido conocer las características principales de los pipelines de análisis de sncRNAs, sus posibilidades de análisis y cómo realizar un análisis básico. Se han utilizado los pipelines COMPSRA, miRge3.0 y nf-core/smrnaseq sobre un dataset de muestras de tejido de pulmón en macho y hembra. De los tres pipelines se han obtenido las métricas de alineamiento de lecturas y el fichero de contajes de miRNAs. En el caso de miRge3.0 y nf-core smrnaseq también se han obtenido otros resultados como por ejemplo análisis de isomirs y novel miRNAs. A partir de los ficheros de contajes de cada uno de los pipelines se ha realizado un análisis de expresión diferencial y los resultados obtenidos han sido comparados. |
Palabras clave : | microARN pipeline ARN no codificante |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 2-jun-2022 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ ![]() |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Ficheros en este ítem:
Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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