HIV-1 subtype B molecular evolution across antiretroviral regimens

Abstract

En este trabajo se pretende conocer la evolución del virus VIH-1 en los diferentes regímenes de primera línea más comunes. Para este estudio se escogieron 46 pacientes con secuencia RT disponible tratados primariamente con uno de los dos regímenes (Grupo 1: 2ITIAN+1IP vs. Grupo 2: 2ITIAN+1ITINAN). Se construyeron árboles filogenéticos mediante aproximaciones bayesianas y de máxima verosimilitud. Se analizó la relación temporal entre el tiempo de tratamiento y diversidad y se comparó la diversidad genética en ambos grupos como proxy de velocidad de evolución. La presión de selección fue medida mediante la diferencia entre mutaciones no sinónimas y sinónimas.

En aquest treball es pretén conèixer l'evolució del virus VIH-1 en els diferents règims de primera línia més comuns. Per a aquest estudi es van escollir 46 pacients amb seqüència RT disponible tractats primàriament amb un dels dos règims (Grup 1: 2ITIAN + 1IP vs. Grup 2: 2ITIAN + 1ITINAN). Es van construir arbres filogenètics mitjançant aproximacions bayesianes i de màxima versemblança. Es va analitzar la relació temporal entre el temps de tractament i diversitat i es va comparar la diversitat genètica en els dos grups com a proxy de velocitat d'evolució. La pressió de selecció va ser mesurada mitjançant la diferència entre mutacions no sinònimes i sinònimes.

In this paper we intend to know the evolution of the HIV-1 virus in the most common first-line regimens. For this study, 46 patients with available RT sequence were treated primarily with one of the two regimens (Group 1: 2ITIAN + 1IP vs. Group 2: 2ITIAN + 1ITINAN). Phylogenetic trees were constructed using Bayesian approximations and maximum likelihood. The temporal relationship between treatment time and diversity was analyzed and genetic diversity was compared in both groups as a proxy for evolution velocity. Selection pressure was measured by the difference between non-synonymous and synonymous mutations.