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http://hdl.handle.net/10609/81889
Título : | Ensamblaje de novo y anotación génica del genoma de Leishmania major mediante secuenciación masiva |
Autoría: | González de la Fuente, Sandra |
Tutor: | Ylla Bou, Guillem |
Otros: | Universitat Oberta de Catalunya Merino, David |
Resumen : | La leishmaniasis es una enfermedad parasitaria producida por protozoos del género Leishmania. Leishmania major es la especie prototípica asociada con la leishmaniasis cutánea en el Viejo Mundo siendo la forma más frecuente de leishmaniasis. La obtención de una secuencia genómica fiable es fundamental para estudios moleculares conducentes al desarrollo de estrategias de control de la leishmaniasis. A pesar de que el genoma de referencia de L. major está ensamblado en las bases de datos en 36 cromosomas, datos publicados recientemente evidenciaron la existencia de errores, debido a colapsos provocados por la existencia de regiones repetitivas. El objetivo de este trabajo fue generar un ensamblaje mejorado del genoma de L. major, secuenciando el genoma mediante lecturas de PacBio e Illumina y empleando diversas estrategias de ensamblaje: ensamblajes no-híbridos e híbridos (combinando ambas lecturas). Los ensamblajes no-híbridos con lecturas de PacBio generaron los mejores resultados. Sin embargo, las lecturas de Illumina han sido esenciales para extender extremos de cromosomas y corregir regiones homopoliméricas, donde se ha encontrado que PacBio tiene limitaciones. |
Palabras clave : | ensamblaje de novo Leishmania NGS |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 4-jun-2018 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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