Desarrollo y optimización de un pipeline para el análisis dual del transcriptoma planta/patógeno: identificando los mecanismos de patogenicidad y defensa

Abstract

El presente Trabajo Fin de Máster se centra en el análisis dual del transcriptoma del patosistema Eucalyptus grandis/ Chrysoporthe austroafricana, testando la resistencia genética del hospedante y el efecto de la infección del patógeno. Se ha desarrollado un pipeline y su correspondiente script para la descarga y procesado de secuencias, y el posterior análisis de RNA-seq. Los requerimientos de computación para llevar a cabo este tipo de análisis de RNA-seq y la importancia del número de réplicas biológicas son discutidos. Los niveles de expresión génica en el hospedante se ven influenciados tanto por la genética de la planta como por la infección de la planta. El análisis de enriquecimiento funcional ha supuesto la mejora del conocimiento de los procesos biológicos implicados en los mecanismos de respuesta de la planta frente a la infección del patógeno en este patosistema.

The present Master's Thesis is focused on the dual host/pathogen transcriptomic analyses for the Eucalyptus grandis/ Chrysoporthe austroafricana pathosystem, testing the host genetic resistant and the effect of the pathogen infection. A pipeline and its script were developed for downloading and pre-processing of sequences, and subsequent RNA-seq analysis. Computational requirement and the importance of a proper number of biological replicates are discussed. In host, gene expression is determined by host resistant genetic and infectious disease process. The functional enrichment analyses improved the knowledge on biological process involved in the response mechanisms in plant as a result of the pathogen infection for this pathosystem.

El present Treball de Final de Màster es centra en l'anàlisi dual del transcriptoma del patosistema Eucalyptus grandis / Chrysoporthe austroafricana, testejant la resistència genètica del hoste i l'efecte de la infecció del patogen. S'ha desenvolupat una pipeline i el seu corresponent script per la baixada i processat de seqüència, i el posterior anàlisi de RNA-seq. Els requisits de computació per dur a terme aquest tipus d'anàlisi de RNA-seq i la importància de les rèpliques biològiques es discuteixen. Els nivells d'expressió gènica en l'hoste es veuen influenciats tan per la genètica de la planta com per la infecció. L'anàlisi d'enriquiment funcional ha suposat una millora del coneixement dels processos biològics implicats en els mecanismes de resposta de la planta envers a la infecció pel patogen en aquest patosistema.