Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/90706
Títol: | Development of an API for miRNA sequencing data that converts mirGFF3 files to VCF |
Autoria: | Espín Garcia, Roderic |
Tutor: | Pantano Rubiño, Lorena |
Altres: | Marco-Galindo, Maria-Jesús |
Resum: | Els microARN (també anomenats miARN) són petites molècules d'ARN d'uns 20-25 nucleòtids de longitud i que estan embolicats en la regulació de gens postrancripcionales. Els miARN són essencials en gairebé qualsevol procés biològic i se li ha associat amb diverses malalties humanes. Les seqüències amb variacions respecte al miARN de referència es diuen isomiR. Els isomiRs també poden dependre del gènere i la raça. Actualment, hi ha un projecte anomenat mirtop que unifica la investigació relativa dels miARN i isomiRs l'objectiu és optimitzar les anàlisis de miARN i promoure el desenvolupament d'eines analítiques de tipus downstream. En aquest projecte s'ha originat un nou format anomenat mirGFF3, per a la sortida de resultats de detecció i quantificació de miARN / isomiR. L'objectiu d'aquest treball és afegir a mirtop una eina que converteixi fitxers mirGFF3 al format VCF (Variant Call Format). En aquest format s'emmagatzemen les variants genètiques respecte al genoma de referència i és molt utilitzat com a entrada en altres eines bioinformàtiques. S'ha utilitzat Python com a llenguatge de programació per a la realització de l'eina i s'utilitzaran dades de mostres sintètiques i reals (ja en format mirGFF3) per comprovar el seu funcionament i posterior anàlisi mitjançant gràfics, també generats per Python, tot i que aquesta anàlisi és independent del projecte mirtop. |
Paraules clau: | microRNA VCF aplicacions web |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 2-gen-2019 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
respingaTFM0119memory.pdf | Memory of TFM | 1,08 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons