Análisis de herramientas bioinformáticas para la detección de CNVs en muestras de pacientes mediante secuenciación de exoma completo (WES)

Abstract

En los últimos años la secuenciación masiva (NGS) se ha convertido en la herramienta estándar para el estudio de la variabilidad genética. Se ha demostrado tener un enorme potencial a la hora de detectar variaciones tanto a nivel de un nucleótido (SNV), como de inserciones o delección de 3 -4 nucleótidos, así como variaciones estructurales tanto equilibradas (inversiones y translocaciones) como desequilibradas (delección y duplicaciones). La secuenciación de los exomas de todo el genoma (WES) se ha convertido en la secuenciación más adecuada para el análisis de CNVs por que obtenemos una muy buena cobertura de las regiones de análisis a un coste menor. El presente Trabajo de fin de Máster (TFM) se ha centrado en la detección y en el análisis de estas variaciones estructurales a nivel de número de copias (CNVs). De muestras secuenciadas por WES. Actualmente, existen dos aproximaciones para la detección de las CNVs a partir de los datos de secuenciación de WES de línea somática; una de ellas es la profundidad de cobertura COD) y la otra es el análisis de mapeo de extremos emparejados PEM.

En els últims anys la seqüenciació massiva (NGS) s'ha convertit en l'eina estàndard per a l'estudi de la variabilitat genètica. S'ha demostrat tenir un enorme potencial a l'hora de detectar variacions tant a nivell d'un nucleòtid (SNV), com d'insercions o delecció de 3 -4 nucleòtids, així com variacions estructurals tant equilibrades (inversions i translocacions) com desequilibrades (deleció i duplicacions). La seqüenciació dels exomes de tot el genoma (WES) s'ha convertit en la seqüenciació més adequada per a l'anàlisi de CNVs per que obtenim una molt bona cobertura de les regions d'anàlisi a un cost menor. El present Treball de fi de màster (TFM) s'ha centrat en la detecció i en l'anàlisi d'aquestes variacions estructurals a nivell de nombre de còpies (CNVs). De mostres seqüenciades per WES. Actualment, hi ha dos aproximacions per a la detecció de les CNVs a partir de les dades de seqüenciació de WES de línia somàtica; una d'elles és la profunditat de cobertura (COD) i l'altra és l'anàlisi de mapeig d'extrems aparellats PEM.

In recent years, the next generation sequencing (NGS) has become the standard tool for the study of genetic variability. It has shown to have a huge potential to detect variations at the level of a single nucleotide (SNPs), insertions or deletions of 3 -4 nucleotides, as well as structural variations; balanced (inversions and translocations) and unbalanced (deletions and duplications). The sequencing of whole-exome sequencing (WES) has become the most suitable sequencing for the analysis of CNVs because we obtain a very good coverage of the regions of analysis at a lower cost. In this work, we have focused on the detection and analysis of these structural variations at the number of copies (CNVs) in samples sequenced by WES. Currently, there are two approaches for the detection of CNVs from WES somatic line data; one of them is the depth of coverage (COD) and the other is the Paired-End Mapper (PEM).