Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/95566
Títol: | Disseny d'una aplicació web per a la integració, visualització i anàlisi de les dades genòmiques obtingudes del projecte Pan-Cancer Whole Genome Sequencing (PCAWGS) |
Autoria: | Pedrola Gómez, Anna |
Tutor: | BASSAGANYAS, LAIA |
Altres: | Prados Carrasco, Ferran |
Resum: | Aquest treball de final de màster, situat en l'àmbit de la genòmica del càncer esta basat en les dades del projecte internacional, Pan-Cancer Analyses of Whole Genome Sequences (PCAWGS). Dades fetes publiques recentment que inclouen informació sobre varis anàlisis duts a terme on hi podem trobar més de 2.800 mostres de seqüenciació completa del genoma (Whole Genome Sequencing o WGS), per a diferents tipus de càncer, fins a 40. Entre aquests anàlisis en trobem per exemple: alteracions en nombre de copia (CNA), variants estructurals (SV), dades d'expressió i dades clíniques. En aquest treball s'han utilitzat aquestes dades per a partir d'elles, calcular variables de gran interès en la genòmica del càncer actual, com són l'immunophenoscore (IPS) i les puntuacions de CNA (CNA scores), amb la finalitat d'integrar aquestes noves dades al conjunt de PCAWGS i poder estudiar el paper de les CNAs i SVs en la determinació de les característiques immunitàries del tumor. Com a resultat, s'ha creat una base de dades que relaciona tota aquesta informació i a partir de la qual s'ha desenvolupat una aplicació web amb el framework de Python Django, per tal de proporcionar a grups de recerca clínics una eina de visualització senzilla i intuïtiva, d'on extreure informació sobre les relacions d'aquestes variables en molts tipus de càncer diferents, per poder interpretar i complementar els seus estudis. |
Paraules clau: | aneuploïdia expressió gènica immunitat càncer seqüenciació del genoma complet |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 5-jun-2019 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
apedrolagTFM0619memoria.pdf | Memòria del TFM | 2,66 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons